Apibendrindamas „Vilmorus“ atlikto tyrimo duomenis, Žmogaus teisių stebėjimo institutas išskyrė 2004 m. labiausiai pažeidinėtas žmogaus teises:

1. Teisę į privataus gyvenimo neliečiamumą.
2. Teisę į teisingą teismą.
3. Teisę į politinį dalyvavimą.

Nepaisant daugkartinių Žmogaus teisių stebėjimo instituto perspėjimų dėl daugelio šiurkščių žmogaus teisių pažeidimų, šalies politinės institucijos neskiria pakankamai dėmesio šiai problemai, ir žmogaus teisių erozija tęsiasi.

Ypač daug pažeidimų buvo padaryta teisės į privataus gyvenimo neliečiamumą bei teisės į teisingą teismą srityje.

Prezidentinė krizė ir parlamentarų kyšininkavimo skandalas aiškiai pademonstravo didelius kišimosi į privatų žmonių gyvenimą mastus ir apsaugos mechanizmų nuo piktnaudžiavimo galimybėmis skverbtis į privatų gyvenimą, stoką. Išryškėjo itin dideli ryšių priemonėmis perduodamos informacijos kontrolės mastai, nerimą kelia didėjančios privačių telefoninių pokalbių klausymosi galimybės. Visuomenė iki šiol laukia atsakymų, kokiais tikslais AB „Lietuvos telekomas“ naudojo įrangą, įgalinančią kontroliuoti telefono linijomis perduodamos informacijos turinį. Trūksta griežtos operatyvinės veiklos kontrolės. Itin šiurkščiai teisė į privataus gyvenimo neliečiamumą buvo pažeista viešinant asmenų privačių telefoninių pokalbių turinį.

Kelia nerimą plačiai paplitęs asmens kodo naudojimas – praktika rodo, kad nepagrįstas ir viešas asmens kodo naudojimas sukuria galimybes prieiti prie daugelio asmenų asmens duomenų ir taip pažeisti jų privatų gyvenimą. Žinant konkretaus žmogaus asmens kodą, galima nesunkiai sujungti į visumą įvairiose įstaigose ar įmonėse turimą informaciją apie asmenį, ir tokiu būdu sužinoti viską apie konkretaus žmogaus gyvenimą.

Neprofesionalus operatyvinės veiklos ir teisėsaugos institucijų darbas neretai diskredituoja surinktą informaciją ir sąlygoja nesėkmingą ikiteisminių tyrimų bei bylų baigtį. Ne iki galo įgyvendintas teismo procesų rungtyniškumo bei šalių lygybės principas, gajus teismų baudžiamasis nukrypimas. Teismų procesai neretai panašūs į ikiteisminio tyrimo metu surinktų įrodymu patvirtinimo priemonę. Būtina gerinti teismo procesų kokybę ir perkelti teisėsaugos kompetencijos centrą į stiprius ir pilietiškai atsakingus teismus. Pasiūlymai suteikti daugiau galios prokurorams iš esmės reiškia juos skiriančios institucijos galių sustiprinimą. Be to, abejonių kelia ir prokurorų kompetencija – šiais metais plačiai nuskambėjo aukštų prokuratūros pareigūnų pareiškimai, pažeidžiantys nekaltumo prezumpciją.

Antstolių veiklos praktika prieštarauja įstatymui, yra vienpusiškai palanki antstoliams ir nepriimtina žmogaus teisių apsaugos požiūriu.

Lietuvos politikams būdingą nepakankamą žmogaus teisių svarbos demokratinei šalies raidai suvokimą iliustruoja ir ES Konstitucinės sutarties ratifikavimo būdas. LR Seimo skubus sutarties ratifikavimas yra abejotinas teisės į politinį dalyvavimą prasme: parodant nepasitikėjimą Lietuvos žmonėmis jiems buvo užkirsta galimybė išreikšti politinę valią.

Bernardinai.lt