Garbingasis Jonas Paulius II buvo įsitikinęs, jog trečioje Fatimos paslaptyje minimas „vyskupas baltais drabužiais“ yra popiežius, ir tas popiežius buvo jis. Dabar popiežius Benediktas XVI pakeliui į Fatimą priminė, kad „šalia nepaprastos popiežiaus kančių vizijos paslaptyje yra pristatyta beatsiskleidžianti Bažnyčios ateitis: šioje paslaptyje kalbama apie Bažnyčios kentėjimą, kuris neišvengiamai atsispindi popiežiaus asmenyje. Tačiau popiežius yra Bažnyčioje, todėl pranašystėse skelbiami kentėjimai yra Bažnyčios kentėjimai.“

Fatimos regėtojai vizijose gan dažnai mini Šventojo Tėvo figūrą. Popiežius yra minimas ne vien Dievo tarnaitės Liucijos perduotose vadinamosiose Trijose paslaptyse, bet visų trijų piemenėlių vizijose. Popiežiaus figūra ypač ryški pal. Jacintos Marto regėjimuose:

„Mačiau Šv. Tėvą rūmuose. Priklaupęs priešais stalą, užsidengęs veidą rankomis, jis verkė. Lauke buvo daugybė žmonių. Kai kas į jį svaidė akmenis, kiti išvadino negražiais žodžiais. Vargšas popiežius. Karštai melskimės už jį“. Akivaizdus regėtojos sielvartas dėl Bažnyčios, kurios centre – irgi popiežiaus asmuo: „Ar nematai daugybės kelių ir laukų, daugybės juose žmonių, kurie verkia iš alkio ir neturi ko valgyti; Šventojo Tėvo, kuris Bažnyčioje, priešais Nekalčiausiąją Marijos Širdį, meldžiasi; daugybės žmonių, kurie su juo meldžiasi?“

Iš tiesų popiežius su Fatima sieja nepaprasti istoriniai sutapimai. Marijos regėjimai trims Aljustrelio kaimo vaikams – 10 metų Liucijai, 9 metų Pranciškui ir 7 metų Jacintai prasidėjo 1917 metų gegužės 13-ąją. Tą pačią dieną 1917 metais Romoje buvo įšventintas vyskupu Eugenio Pacelli – būsimasis popiežius Pijus XII, kuris jautė nepaprastą asmeninį ryšį su Fatimos apsireiškimais. Antrąjį pasaulinį karą matęs popiežius Pijus XII štai kaip prisiminė šį nepaprastą sutapimą: „Tuo metu, tą pačią valandą, Fatimos kalvoje apsireiškė baltoji Švenčiausiojo Rožinio Karalienė, tarsi Gailestingoji Motina, norinti pasakyti, jog tokiu audringu metu, kuriuo vyko manasis pontifikatas, kai buvo išgyvenama viena didžiausių krizių pasaulio istorijoje, mus visuomet apgaubia, apgina ir veda didžiosios visų Dievo kovų nugalėtojos motiniška globa.“

Popiežius Pijus XII pirmasis Fatimos Marijos prašymu paaukojo pasaulį Nekalčiausiajai Marijos Širdžiai. 1942 metų aktą pakartojo popiežius Paulius VI 1964-aisais ir Jonas Paulius II net du kartus: 1984 ir 2000 metais.

Kitas nepaprastas sutapimas su pirmuoju Švenčiausiosios Mergelės Marijos apsireiškimu Fatimoje buvo Jono Pauliaus II išsigelbėjimas 1981 metais tą pačią gegužės 13 dieną per turko teroristo Ali Akdžos pasikėsinimą į jo gyvybę. Šis įvykis tapo tarsi raktu, leidusiu net tik atskleisti Trečiosios paslapties turinį, bet ir padėjusiu suprasti jo reikšmę. Jo paaiškinimą prieš 10 metų parengė kardinolas J. Ratzingeris.

Trečiadienio pavakare pirmą kartą kaip popiežius atvykęs į Fatimą, Benediktas XVI nuvyko tiesiai į Apsireiškimų koplyčią, kur jo laukė šimtatūkstantinė žmonių minia. Jos akivaizdoje popiežius sukalbėjo maldą į Fatimos Mariją, kurią pats sukūrė ir kurioje prisimintas Jono Pauliaus II stebuklingas išgelbėjimas 1981 metais.

„Mūsų Valdove, visų vyrų ir moterų Motina, Garbingasis popiežius Jonas Paulius II, kuris Tave aplankė Fatimoje tris kartus ir dėkojo už „nematomą ranką“, kuri prieš beveik trisdešimt metų jį išgelbėjo nuo mirties per pasikėsinimą Šv. Petro aikštėje, panorėjo Fatimos šventovei padovanoti kulką, kuri jį sunkiai sužeidė ir kuri paskui buvo įstatyta į Tavo, Taikos karalienės, karūną. Nepaprastai guodžia žinojimas, kad esi apvainikuota ne vien mūsų džiaugsmų ir vilčių sidabru ir auksu, bet ir mūsų rūpesčių ir kančių kulka.“