Dažnai yra kalbama apie įvairiose šalyse islamo fundamentalistų vykdomą smurtą prieš krikščionis. Viena iš šio smurto priežasčių galėtų buti ir krikščioniškų sektų vykdoma veikla. Tokia prielaidą pateikia kun. Benny Susetyo, Indonezijos Vyskupų konferencijos Ekumeninių ir tarpreliginių reikalų komisijos generalinis sekretorius. Anot kun. Benny, Indonezijoje kai kurios krikščioniškos sektos kelia pavojų katalikų Bažnyčiai ir tradicinėms protestantų bendruomenėms. Sektų Evangelijos skelbimo būdas dažnai yra per daug agresyvus ir nepagarbus vietinei kultūrai. O tai išprovokuoja radikalias islamo grupes panaudoti smurtą. Panašus atvejis prieš kelias dienas įvyko Vakarų Javoje, kai buvo užpultos dvi protestantų bažnyčios.

Kun. Benny taip pat pastebėjo, kad Indonezijoje yra apie 300 krikščioniškų sektų, kurios nepriklauso Indonezijos Bažnyčių bendruomenei, todėl yra labai sunku su jomis palaikyti artimą dialogą ir rasti bendrus interesus.

Indonezijoje dažniausiai netolerancijos ir religinio smurto atvejų užregistruojama Vakarų Javoje, Džakartoje ir Vakarų Sumatroje. Tačiau nereikia pamiršti, kad Indonezijoje yra labai daug musulmonų kurie atvirai pasisako prieš religinį fanatizmą.