1800 metais prasidėjo gana išraiškingas Rėkyvos bažnyčios gyvenimas. Pastatyta kaip dvaro koplyčia, vėliau įgavo bažnyčios statusą. Bažnyčios prieigose buvo sustojęs 1830 m. sukilimo kariuomenės pulkas, vadovaujamas Emilijos Pliaterytės. Yra išlikusi istorija, kad sužeistas rusų karo belaisvis, simpatizuodamas vadei Pliaterytei, paprašė jai įteikti dovaną – katiliuką su ką tik išvirtu viščiuku ir vyno butelį.

1935 m. bažnyčiai suteiktas šv. Juozapo titulas.