Margarita iš Lotaringijos gimė 1463 metais kilmingoje šeimoje. Jos pastangos gyventi dorybingai patraukė dėmesį dar pačioje jaunystėje. 1488 m. brolio iniciatyva Margarita ištekėjo už Alansono kunigaikščio Rene ir susilaukė trijų vaikų, tačiau jau po ketverių metų tapo našle.

Po vyro mirties ji perėmė kunigaikštystės valdymą ir vadovavo išskirtinai katalikiškais principais. Sumaniai tvarkydama ekonominius reikalus, ji sugebėdavo sutaupyti lėšų, kurias skirdavo padėti vargšams. Margaritai itin patiko slaugyti ligonius ir raupsuotuosius. Visose savo valdose ji statė bažnyčias, konventus ir ligonines.

Gyvenimo pabaigoje, perdavusi valdžią savo sūnui, Margarita apsivilko Trečiojo šv. Pranciškaus ordino abitą, tačiau jausdama, kad tai nebepatenkina jos tobulumo troškimo, ji įkūrė Šv. Klaros vienuolyną Argentone, į kurį pati ir įstojo.

1520 m. spalio 11 d. ji davė įžadus, o 1521 m. lapkričio 2 d., asketiškai pragyvenusi metus, mirė savo kuklioje celėje būdama šešiasdešimt dvejų. 1921 m. popiežius Benediktas XV paskelbė Margaritą iš Lotaringijos palaimintąja.