412 m. jis pakeitė savo dėdę Teofilių Aleksandrijos arkivyskupo pareigose ir vienu metu vykdė staigias, dažnai įnirtingas akcijas: uždarė novacijonų bažnyčias, išvarė iš miesto visus žydus, griežtai pasisakė prieš Julijoną Apostatą.

Iki 428 m. jo charakteris nusistovėjo, tapo plačiai žinomu dvasiniu vadovu.

Kai Nestorijus tapo Konstantinopolio arkivyskupu ir pradėjo neigti Kristaus Įsikūnijimą, Kirilas ėmė protestuoti. Byla pateko pas popiežių Celestiną I, kuris pasmerkė Nestorijų ir liepė Kirilui jį pašalinti iš pareigų.

Kirilas vadovavo Efezo Bažnyčios Susirinkimui (431 m.), kuriame daugiau kaip 200 vyskupų išnagrinėjo ir atmetė visas Nestorijaus ir jo šalininkų sukurtas doktrinas.

Arkivyskupas Jonas Antiochietis kartu su 42 vyskupais atvyko pavėlavęs, pareiškė kad Nestorijus nekaltas, susirinko į neoficialią konklavą ir paskelbė, kad atleidžia iš pareigų Kirilą. Imperatorius suėmė ir Nestorijų, ir Kirilą, bet pastarąjį netrukus paleido, nes atvyko popiežiaus legatas ir įsikišo į šį reikalą. 433 m. arkivyskupo Jono grupė taip pat pasmerkė ereziją, o Nestorijus buvo ištremtas.

Tolesniais savo gyvenimo metais Kirilas taip išvystė Įsikūnijimo doktriną, kad nestorianizmui ir pelagijonizmui niekada nepavyko giliai įsitvirtinti. Kirilas 1882 m. buvo paskelbtas Bažnyčios mokytoju, o popiežius Pijus XII 1944 m. jį ypač pagerbė savo enciklikoje „Orientalis ecclesiae".

„Šventųjų gyvenimai“