Mūsų steigėjai yra MBO (Mažesniųjų brolių ordino) Lietuvos Šv. Kazimiero provincijos Šv. Pranciškaus ir Šv. Bernardino vienuolynas

Vilniuje pranciškonai observantai (bernardinai) prie Vilnelės įsikūrė dar 1469 m. Juos pasikvietė Lietuvos didysis kunigaikštis ir Lenkijos karalius Kazimieras Jogailaitis.

Pirmoji Bernardinų bažnyčia Vilniuje greičiausiai buvo medinė, Šv. Bernardino Sieniečio titulo (sudegė 1475 m.) Apie 1490 m. bernardinai pasistatė naują mūrinę bažnyčią. Deja, 1500 m. dėl konstrukcinių klaidų didelę jos dalį teko išardyti, kadangi nusėdo pamatas, sienose atsirado plyšių, pradėjo griūti skliautai. Trečioji bažnyčia toje pačioje vietoje pastatyta 1506-1516 m. ir konsekruota Šv. Pranciškaus Asyžiečio titulu. XVI a. Vilnių lankę keliautojai rašė apie naująją Bernardinų bažnyčią, kad tai vienas didžiausių ir puošniausių pastatų mieste.

Prie vienuolyno 1814 m. įkurta Šv. Pranciškaus Asyžiečio parapija. Po 1863 m. sukilimo vienuolynas carinės valdžios buvo uždarytas, vienuoliai išvaryti, o parapija perduota dieceziniams kunigams. Sovietinė valdžia 1949 m. bažnyčią visai uždarė, o parapiją perkėlė į Šv. Onos bažnyčią.

Po sovietinės okupacijos 1994 m. į Šv. Pranciškaus Asyžiečio (Bernardinų) bažnyčios griuvėsius vėl sugrįžo broliai pranciškonai, o 2001 m. oficialiai atkurtas Šv. Pranciškaus ir Šv. Bernardino vienuolynas bei istorinė Šv. Pranciškaus Asyžiečio parapija. Nuo 2007 m. į Vilnių perkelta ir Mažesniųjų brolių ordino Lietuvos Šv. Kazimiero provincijos kurija.

Vilniaus vienuolynas priklauso Maženiųjų Brolių Ordino Lietuvos Šv. Kazimiero Provincijai.